11 年前
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夏福特的儿子JJ，是麻省理工毕业的网络安全专家。为了揭开他最好的哥儿们英年早逝的真相，他要从父亲身上学习一项特殊技能。。徐东升因家境贫穷被村中恶霸欺负让给出家中祖传玉佩，徐东升反抗却被打伤，鲜血滴落在玉佩上。在嫂子被村长的儿子欺负的时候，徐东升打退了村长儿子，却也因此结下了梁子。。以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小霞（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难……
本片为神奇宝贝系列第十二部电影剧场版。。
