12 年前
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位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！。银河·奥特曼是圆谷特摄剧《银河奥特曼》中的主人公，是来自未来的奥特曼，平时将自身的人偶隐藏在银河火花里。当充满勇气的心与银河奥特曼相呼应时，主人公礼堂光即与银河奥特曼一体化，现出巨大化的身姿。自身也有意识，能脱离变身者的存在而活动。通常为了保护礼堂光，与实体化者分离。。天才科学家大卫创造了世界首具拥有高度人工智慧的机械人亚当，并邀请当红的科技杂志记者荞依，进入实验室进行一週的近距离专访。在採访的过程中，荞依深受聪明又充满抱负的大卫吸引，萌生情愫的两人开始越走越近，而将一切看在眼裡的亚当，竟产生如人类般的忌妒情绪，行为更变得有些怪异与偏激...。
