20 年前
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在幻影忍者们齐心协力击退飞天海盗之后，忍者世界恢复到往日的和平。忍者们认真地进行日常训练，但大地忍者 - 寇，似乎有什么心事困扰着他。寇在过去的战役当中，被邪恶的杨大师变成了幽灵，原本他还以为自己已渐渐习惯幽灵形态，但他却惊觉自己有可能随时会消失不见，仿佛不曾存在过一样。就在这个时候，他又听到了杨大师的呼唤，发现杨大师正在进行一个阴谋，企图将过去曾被忍者们打倒的强大魔头们全都召唤回忍者世界！面对多个过去的死敌同时袭来，幻影忍者们能招架得住吗？而寇，是否能够渡过这次的难关，继续存在于这个世上呢？。漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件。日本警方和FBI探员赤井秀一立即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀对其真实身份产生怀疑。
刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本不会想到随着那名神秘女子记忆的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……。
