17 年前
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村医赵胤邦救下了因三年未育而遭公婆下药的嫂子柳红香，面对污蔑，毅然
为其撑腰、还其清白！历经风波，红香决然离婚，奔赴新生。赵胤邦在村口送别，
目送她坚定踏上通往光明的道路。一宗伪造护照的案件吸引了国际警察的注意，他们派出迪克森（甄子丹 饰）前往香港，想要得到案件背后的真相，接待他的是名为包四（刘江 饰）和刘定坚（周星驰 饰）的警察。由于个性上的截然不同，迪克森和两名警察之间产生了诸多的矛盾，然而，在紧要时刻，迪克森救了包四一命，三人之间渐渐产生了真挚的友谊。
迪克森十分中意包四的女儿艾娃（陈松伶 饰），尽管艾娃亦对英俊帅气的迪克森抱有好感，但她无法接受他时时刻刻都处在危险之中的职业，因而表示了拒绝。随着调查的深入，一位名为唐克（吴镇宇 饰）的男人浮出了水面，裂解斑斑的唐克是一个极其危险而残暴的罪犯。。将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再像以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！
这时，纽约市中发生一连串的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！
神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！。
