18 年前
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影片的故事围绕萨曼莎展开，她在上学途中被一只神秘的巨型兔子绑架。15年后，当她在医院醒来时，对自己居然还活着感到非常震惊。格林博士在她身旁，试图帮助她恢复记忆。在萨曼莎的记忆中，她曾被困在一个地下监狱，在那里有人强迫她玩游戏、解谜语和谜题，并设有奖罚机制。与此同时，一位生命垂危的天才前调查员也在调查这一神秘案件。。赛菲罗斯的事件已经过去2年了，人类从巨大陨石的灾难之下逃脱。曾经繁荣的都市虽然满目疮痍，但人们已经开始投入重建家园的工作之中。而拯救世界的英雄克劳德，却过着与世隔绝的生活。
但是，神秘的疾病“星痕症候群”在世界蔓延。蒂法•洛克哈特决定找寻克劳德。但当她找到克劳德之时，眼前这个人，只是一个为艾利斯之死郁郁寡欢的落魄男子。
以继承赛菲罗斯的遗志而组成的白发三人组出现在人们眼前，文森特不得不再次挥动双枪，保护大家。而世界的英雄，克劳德，能否再次振作，守护这个世界呢？。