12 年前
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未来世界，人类文明高度发达，智能机器人大量涌现，已在日常生活中占据重要的位置，而且人类为了获得永恒的生命，也尝试将自己改造为机器人。同时，一列名为“银河铁道999号”的宇宙列车担负起连接地球和宇宙文明的使命，星系从此不再遥远。
少年星野铁郎（野沢雅子 配音）的母亲被嗜好杀戮的机械伯爵杀害，他肩负母亲的嘱托，决定前往安达罗星云改造身体，为此不惜在车站抢夺他人的银河铁道999号车票，不过也因此邂逅了容貌与母亲极其相像的梅蒂尔（池田昌子 配音）。凭借梅德尔的帮助，他终于踏上999号列车，继而展开一段充满未知的旅程……
本片为《银河铁道999》第一部剧场版动画。。2007年，Dr.James在半岛军火商的支持下研究生化人。研究过程中，生化人安德烈发生基因突变大开杀戒，将半岛军火商杀害，并控制其组织，接管生化人的研究。Dr.James侥幸逃生，只好寻求警方的保护。特工林东不得已离开生命垂危的小女儿西西，接受证人保护任务。
十三年后，一本科幻小说《机器之血》的出版引出了黑衣生化人组织，神秘骇客李森（被杀害的半岛军火商的儿子），以及隐姓埋名的林东，三股力量都开始接近一个“普通”女孩Nancy的生活，想要得到她身上的秘密。而黑衣人幕后受伤隐藏多年的安德烈也再次出手，在多次缠斗之后终于抓走Nancy。林东和李森，不得不以身犯险一同前去解救，关键时刻却发现李森竟然是被杀害的半岛军火商的儿子，生化人的实验记录也落入了李森之手。。
