16 年前
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五法山一战后，各方损失惨重，皆偃旗息鼓。不料上官剑元威逼利诱，势要夺取异天符印，打开藏有地界灵树的斗魂圣地。明月临危受命，当上了灵狩门掌门，为继续追寻自己的身世之谜，带领众人踏上旅途。
灵界日渐衰微，在镜影花的诱导下，六支不得已亲自出马，混入灵狩门欲取异天符印，然而在梧桐村落时，不经意间得知斗魂圣地的秘辛，遂改变主意逗留灵狩门，以窃取更多情报，待时机成熟，一举取得地界灵树。
而明月等人此行的目的便是寻找江湖百晓生，叶知秋。原来当年玄阳族惨遭月族覆灭时，叶知秋是护送了公主上官明月进入地界的统领之一，他在漫长的岁月中忍辱偷生，等待明月的到来。明月得知了许多令她咋舌的真相，上官剑元就是玄阳族的叛徒，玄阳王惨遭月族杀手刺杀，玄阳族一时群龙无首，才会一夜倾覆。
身为灵狩门掌门要守护斗魂圣地，身为玄阳族公主要重振家族，此时此刻明月身负重担却又弱小无助。叶知秋为挽回明月信心，慌称可利用族内信物提升能力，但明月早已过了豆蔻年华，强行提升简直是飞蛾扑火，果不其然，叶知秋修为大减，明月在上月琉的帮助才渡过危机。
一切也都接近了尾声，正当六支准备切断灵树，上月琉阻止了她。拯救灵界无需整颗地界灵树，只需其中的灵液汁和六支这颗种子，便能再次焕发灵界的生机。
灵界危机解除，上官剑元已成废人，天宗门一蹶不振，地界也不再勾心斗角。六支已然成为灵界灵树，明月决定前往灵界寻找族人，而上月琉也踏上新的旅程，斗魂圣地的大门再次关闭，不知所踪。。动画《高分少女Extra Stage》是TV版动画《高分少女》后续的第13至15话。这几话并未在电视台播出，动画还会增加两名新角色，井泽诗织将为ニコタマ配音，三宅健太将为ザンギエフ配音。。
