11 年前
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天医会综合医院，统括诊断部。 这里聚集了被其他医师判断“难以诊疗”的患者们。 此外，甚至还有连警察都难以应对的，原因不明的“谋杀”和“谜团”…… 天才医师·天久鹰央所揭示的，隐藏在“疾病”背后不可思议的惊人真相是……！ “那个疾病（谜团），就由我来下诊断吧——！！”。200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。
主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。
一天，他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。
云天决定前往寻找4张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样，云天告别了父母，踏上旅程。。