19 年前
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一场全市轰动的婚礼在即，新郎却被绑架撕票，连同牵连着的命案都指向同一个人......重案组如何在被设计好的线索中侦破谜题找出真凶？。拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井 青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义），是一名13岁少年。青的父亲兰顿·萨斯顿(Renton Thurston、レントン·サーストン)行踪不明，而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因，使得他能够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大小的光粒子，红外线、紫外线等等（但在外太空这一特殊生理受到限制）。小时与诊疗所里的老医生深井 敏夫一同生活，现正在Generation Blue（蓝色世代）中。
女主角的名字将是阿拉塔·娜露，同样是13岁，是与青一同成长的青梅竹马。娜露因为童年时的事故而使拥有”ユタ”的力量(犹达，是日本冲绳以占卜为职业的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功能，这是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长，从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分融合，但正是因为这样，导致她自小身体虚弱，需要把氧气放入在手上的吸氧器，现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。
本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上，当时的磐户岛正进行著自治权回复运动，但在某一天，在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击，而为了保护磐户岛，男主角青与人型IFO（Intelligent Flying Object）相遇，并与G-Monster战斗的故事就此展开。。苏珊（乌苏拉·安德丝 Ursula Andress 饰）的丈夫是一名人类学家，在一次前往非洲几内亚丛林的科学考察途中，他失踪了。为了寻找丈夫的下落，苏珊和弟弟亚瑟一起踏上了前往非洲的旅途，和他们一同上路的，还有研究院的爱德华教授（斯泰西·基齐 Stacy Keach 饰）。 在当地，苏珊一行人找了两个向导，引领着他们朝丛林深处进发，通过向导之口，他们得知，在丛林中，生活着非常可怕且残暴的食人族。一天，苏珊发现两名向导离奇死亡，爱德华教授也身受重伤，直到此时他们才明白过来，他们已经身处食人族的领地之中了。。