20 年前
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草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。
巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。。两年前的全国游泳冠军赛上，实力相当的小海和阿若本打算在200米自由泳决赛中公平竞争，一同争取国家队入选资格。然而小海却意外失利，无缘站上领奖台，并在赛后不告而别。阿若误以为小海故意让贤，耿耿于怀。两年后，阿若在药检审查期返回原籍训练，小海也被普高劝退转学至乐海体校。再次成为队友的两人各怀心事，阿若冷漠执拗，小海游手好闲，二人矛盾不断升级。幸而在队医尤丹、队友小伙伴以及教练员的关怀与帮助下，阿若敞开心扉收获了友谊，小海也重新燃起了对游泳的热情。最终冰释前嫌的两个少年，在队友与师长的欢呼声中，再次并肩站上了全国赛的出发台……。
