20 年前
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赵传奇接上级指令，令他带上档案，回军区接受重要任务。途中遭遇伏击，不得已烧掉档案。身负重伤的的赵传奇回到了军区，因无法证明身份而产生误会。赵传奇巧用诈降突围的事情恰巧又被军分区的侦察员亲眼所见，于是，赵传奇被扣上叛徒的帽子，跌落至谷底。小野的父亲为子报仇。请命前往晋察冀驻军，趁军区防御空虚，调动大队军马冒然出击。身陷禁闭的赵传奇凭借经验使得军区首长脱离险境。寡不敌众的赵传奇眼看要被俘虏，却被一伙拿着武器的村民解救。这些村民是褚家村的幸存者，为了活下去他们拿起武器开始保护自己。赵传奇获救后只好留在褚家村，赵传奇有作战经验，用自己的一套作战方法，利用村民手里现有的武器带着村民开始了抗日行动。赵传奇在带着村民抗日的过程中，终于救出自己的战友大出溜，证明了自己的身份，同时带领了村民加入了中国共产党 。。具有强大力量的电子生命体——像素霸主诞生了！他麾下的干部“天线博士”率先来到现实世界，召唤出不同的像素怪人，通过城市破坏来搜集经验值，让像素霸主能够降临世间，统治世界！
为了守护地球安全，迷你特工队使用全新装备“超次元召唤器”来对抗像素霸主！被称作“天才玩家”的人类男孩小凯，意外激活了超次元召唤器的真正力量！并且，凭借自身的强大能量和玩家经验，小凯能够为迷你特工队充能、提升战斗力，破解像素怪人作乱的招式，双方逐渐成为默契十足的搭档！
迷你特工队和小凯在嘻闹玩乐的日常生活、并肩作战的战场经历中，一步步成长为更加优秀的战士，也收获了更加深厚的友谊。他们共同努力着，终于粉碎了像素霸主征服世界的阴谋！。
