22 年前
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莉莉（Alina Freund 饰）是一个非常平凡的十岁女孩，过着和大部分同龄人一样的生活。十岁那一年，莉莉意外的得到了一本拥有魔法能力的书，书中，出现了一条小龙，这个笨拙而又蠢萌的家伙似乎是魔法书的守护神。 小龙告诉莉莉，它选择了她做自己的继任者，此时的魔法世界正在遭受邪恶女巫的侵蚀，如果无法战胜邪恶的女巫，那么莉莉和弟弟所在的现实世界也将受到波及。为了胜任这份重要而又沉重的工作，莉莉必须在99个小时之内证明自己的能力，并且战胜女巫，保护世界以及她所爱的人们。。本剧以镰池和马所著的轻小说《魔法禁书目录》中的人气角色御坂美琴为主角的外传漫画《科学超电磁炮》改编。
故事发生在面积占据东京都西部的三分之一，居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市和外部隔离，研究最尖端科技。所有学生都接受超能力开发，并大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（Level 0）、低能力者（Level 1）、异能力者（Level 2）、强能力者（Level 3）、大能力者（Level 4）和超能力者（Level5）。故事从学园都市最强的电击公主“超电磁炮”御坂美琴，某天认识了和黑子一样担任风纪委员的初春饰利开始......。