23 年前
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某日，已是一名股票交易员的榊信一与青梅竹马的前女友山口澄乃和学生时代一起做志愿者活动的旧友们再次相遇。如今过着奢华生活的榊羡煞旁人，但不为人所知的是，此时的他正处在极为艰难的人生交叉路口。实际上，榊已身患重病且时日无多，因此他暗自下定决心要释放出内心的“杀人冲动”。
次日，一位名叫冈本真纪的年轻女子的尸体被人发现。警视厅搜查一课刑警苍井凌和片区刑警矢部知树共同展开了搜查。苍井3年前旧病复发却一直没有对外公开，忍受着病痛的他仍旧坚持查案。然而，苍井的病情很快就发生了恶化，到了危及生命的地步。面临死神威胁的苍井，决心赌上性命也要揪出真凶。
另一方面，得知榊命不久矣的澄乃决定再次回到他的身边。澄乃的存在让榊感受到了温暖，但即便是他自己也无法遏制住内心这股难以名状的杀人冲动，于是他又开始了作案……
与此同时，又一位女性的遗体被人发现。通过监控录像追踪真纪生前行踪的苍井意外发现了一名带着墨镜的男子曾向真纪搭话。苍井从男子的行动中发现此人听力存在障碍。抓住了这一线索的苍井开始为收集目击证言而四处奔走。但就在这一过程中，他的身体承受不住而失去意识被送到了医院。得知父亲入院消息的苍井瑞希急忙赶往医院。然而她没有想到的是，榊也正在悄然接近她……。自从机关城崩塌，墨家抵抗势力几乎被全部清除。秦帝国又回到太平盛世的迷梦中。
咸阳宫中的嬴政一边动用无数劳工营造万里长城，一边进行着一些更为精密的计划。现在这个计划已经接近完成，由阴阳家协助完成的巨艇“蜃楼”已经建造完毕。它壮丽精绝的身姿浮现海平面彼端，宛如人人梦想中的海上仙山。为了解开巨艇“蜃楼”的疑团，各家各派势力慢慢汇聚到这座平静的海边小城。
此时，天明和少羽为了避开秦兵追捕，正在儒家庄园学习和生活。而接下来各种奇异事件在此地发生，小城的平静也被完全打破。所有的生死仇，家国恨，都将在那个时刻凝结。所有人的目光，都将在那个地点汇聚。芸芸众生不过是一块块城砖，用来铸造帝国的万里长城。此时桑海城内，各家各派人马集结，一艘巨大的蜃楼出现在海上，墨家盗跖、大铁锤截获帝国最高级别的机密——黑龙卷轴。李斯向扶苏进言，启用罗网铲除桑海城内的叛逆分子。墨家众人将破解黑龙卷轴的重任交予班大师，同时李斯命赵高率罗网，在黑龙卷轴被破解前找到墨家众人下落。破解卷轴过程中，班大师传授天明机关术，少羽与旧部龙且重逢，重燃复国之志。不料墨家据点外泄，众人身中阴阳家咒蛊内力全失，被蒙恬大军包围。危急时刻，石兰使用蜀山巫术，救走众人。密道内，众人在与机关兽角逐中失散，墨家众人陷入流沙刺客团的围困，少羽、石兰、天明意外坠入蜃楼……。故事承接《德国八六年》，但此时已经是1989年，马丁·劳赫在东德的间谍活动期间经历了柏林墙倒塌事件。。