25 年前
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在神秘幽暗的大洋深处，生活着一群无人知晓的生物。他们个头很小，还没有拇指一般大，依靠头上的管子呼吸养分，每个人身上都有与他人不同的鲜艳色彩。他们以海草为食，在这里建立了一个与其他生物和谐共处的海底王国。精灵王国的文明高度发达，他们和地面上的人类一样有警察、总督、司机、厨师、科学家、法官等种种职业，最为重要的是，小精灵们更加爱护他人和身边的大自然。 主人公奥斯达是一个还在上学的黄色小精灵，他正义勇敢，身边经常为这几个性格各异的好朋友：始终保持沉默的绿色的嘟嘟、聪明开爱的女孩凯西、美丽动人的小红星以及自私自大的总督之子朱尼尔。这群好朋友在一起，每天都发生各种各样有趣的事情……。游城十代在前往决斗学院实技测验的途中，偶遇了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中获得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时，一个名为七星的神秘团体出现了，它的目的是夺取被封印在决斗学院地底遗迹中拥有毁灭世界力量的三幻魔。
游城十代及大德寺老师等人被选为遗迹的守护者，与七星展开了黑暗决斗。后来众人意外发现大德寺老师也是七星的成员之一，十代打败大德寺老师，彻底挫败了七星的阴谋，并得到贤者之石的卡片。
三幻魔事件结束后，原来的伙伴们相继离开决斗学院，一众新生入学。游城十代受到“光之波动”的影响，无法进行卡牌决斗。之后，游城十代遇到了来自新空间的使者，找回了对决斗的热忱与兴致。
不久后，前往童实野町毕业旅行的十代一行人，被强迫接受斋王美寿知的考验，并得知了“光之波动”的真相。回到决斗学院后，鲛岛校长宣布新世代大赛开幕。这场原本只是让学生和职业决斗者交流，进而提升决斗能力的活动，却意外成了关系到地球存亡的事件。在最后的对决中，十代向斋王挑战，成功打败被“破灭之光”操控的斋王，拯救了世界。。
