24 年前
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绿树郁郁葱葱的山寨外，一对新婚夫妻正在拜堂。孙狗儿直闯大堂，打倒众土匪，此时新娘小娟与大头目对打起来，新姑爷赵联在一旁冷笑，小娟的妹妹宝珠惊恐地看着发生的一切。小娟父亲喝令众人退下，新人入洞房。第二天清晨，赵联携宫廷珍宝"八骏图"出走。小娟追赶不见踪影，宝珠决心去找赵联，母亲让她顺便去看看她的养母宋王氏。宋王氏之子宋福贵在路上发现一个包袱，拿回家来，宋王氏打开一看，吓昏了过去。警察厅长等人正在审讯宋福贵时，一封信随匕首飞进，上写：蓝衫女匪在此，人是我杀的，与他无关。巡长只好把此无头案交给了东方警长去办。东方警长经过查访，释放了宋福贵。蓝衫女匪又在警察厅犯案。东方将刘十牌打倒在地。宝珠离去，东方正欲追出被小娟留住。东方去找黄莉斯了解案情，路遇无耳乞婆，便给了两个铜板。宋王氏在家烧香求主保佑，这时宝珠推门而入，母女相见痛哭不止。突然，东方出现。酒桌上，东...。华佗（林文龙）自幼聪慧过人、醉心医学，因缘际遇下，拜名医张仲景为师。一次，关云长（尹扬明）带同乡求医，佗发现此人的病症有异，不是普通伤寒，故将《伤寒论》和《滋阴论》结合，成功研究出治疗瘟疫之法。惜百姓迷信鬼神之说，加上小人得志，对佗诸多加害，令其惹上杀身之祸。时景之长女张妙心（伍咏薇），与佗两情相悦，决心下嫁并随夫逃亡。 佗移居许昌后有医无类，不论病得多重的人也全力拯救，结果往往失败，被评为「医死人大夫」，生活每况愈下。后佗替曹操（黄日华）的幼儿医好多年顽疾，得操赏识，封为太医院监，着手撰写医学大全。好景不常，操的奸雄本色渐露，命佗制毒药杀害关之士兵，佗不耻操所为，投靠关。操头风病发作，老羞成怒，以斩杀太医院内三百余人作胁，迫佗返回许昌为其治病，佗深知此行凶多吉少，莫非这就是命运的安排？。位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！。
