19 年前
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故事发生在虚构的未来世界，彼时，人类因为疏忽和大意而失去了制海权，海洋，成为了人们可望而不可即的所在，盘踞在那里的，是一股名为“深海栖舰”的强大势力。为了同这股势力抗争，一群名为“舰娘”的女孩子们出现了，在她们的体内，栖息着舰艇之魂，亦是明日呢化身成为各式各样的战舰，为了人类的和平做着不懈的努力。
平日里，舰娘们在名为“镇守府”的大本营里进行日常生活和训练，某日，一位名叫吹雪（上坂堇 配音）的活泼女孩出现在了大家的面前，初来乍到的她踌躇满志，热情满满地加入了舰队的新生活中去，在这里，充满了精彩和刺激的日常就此展开。。从环游并行世界的旅行中回到点心店“五彩缤纷”的介人们。但是，在那里，新的柏饼瓦尔多和成为“柏饼王”的佐克斯，支配着世界！？为了拯救又变成柏饼中毒的世界，新的战斗开始了！
另一方面，在咚兄弟的世界里，太郎离开后的一年里，陪伴的5人一边度过充实的私人生活，一边继续与桃谷次郎为队长战斗。
在这种情况下，记忆恢复了的太郎去了咖啡店。太郎去拜访了成员们，同时也得知了成员们都想要退出咚兄弟的决心。大家各自决定走自己的道路之后，再次出现的机界鬼袭击了太郎！
两个世界爆发的事件以超越次元的“缘分”结合起来的时候，两大超级战队的全力全开的奇迹之战开幕！。