3 年前
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2050年。由于在父亲创立的制造公司·Rebuild社对“自律机械DZ”的开发做出了贡献， 因而年纪轻轻就赢得了名声的技术人员德里达·伊万（主人公）。 有一次，德里达与同僚内桑注意到了“DZ”的重大缺陷， 但上司却完全不听从忠告，对此感到恼火的他在知道危险的情况下仍然拖延应对， 并前去参加内桑的爱女·玛吉的生日派对。 但，在度过了一时平稳之后的第二天，德里达和内桑遭到神秘部队的袭击。 在出逃的最后，落入冷冻睡眠装置的德里达再次睁开眼时， 时间已经过了10年，放眼望去的世界早已荒废，陷入了战争状态！ 就在遭到失控的“DZ”群的袭击，即将放弃一切的时候， 德里达回想起了内桑临终的话语。 “玛吉就拜托你了” 即使对降临到自己身上的命运感到困惑，但为了寻找玛吉，德里达仍然向前迈进。 重逢，超越了“时间”—— 这是，思念踏上旅途的故事。。《剧场版 再见了假面骑士电王 最后的倒计时》为《假面骑士电王》的剧场版，2008年上映，故事描绘了假面骑士电王的最后一场战斗。
桃塔罗斯一行人结束了与异魔神们的战斗，终于过上了悠闲的生活。但最近，街头巷尾盛传，出现了一辆神秘的幽灵列车。叶奈与桃塔罗斯等4位异魔神一起出发寻找，却遇上了遭到绑架的良太郎。在敌人凌厉的攻势下，前来帮忙的侑斗身受重伤。这时，新一任假面骑士电王搭乘着崭新的时空列车前来力挽狂澜！混战中，桃塔罗斯找到了机会和良太郎对话。于是，以良太郎所言——“保护象”和一张车票为线索，桃塔罗斯一行人坐上时间列车，驶向300年前的过去……
究竟是谁绑架了良太郎又迫使他变身？又是谁在暗中策划扭转生死、篡改历史的阴谋？面对可怕的新敌人，良太郎与幸太郎携手，展开了最后的战斗。。