20 年前
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现为公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音），按照课长荒卷大辅（塾一久 配音）的指示外出调查运输机被神秘并机的事件。结果途中遭到巴特（松田健一郎 配音）率领的武装分子的袭击。与此同时，遍布全国的交通管制系统也意外瘫痪。一切源于前七八联合部队的长官曾我和哉（泽木郁也 配音），他因制造难民虐杀事件遭到国家指控，而他的下属坚信这一切都是国家阴谋。曾我不甘被污，因此试图通过网络揭露大国的丑行。素子在调查过程中渐渐了解真相，而她也朝着组建自己的部队迈出重要的一步……
本片为攻壳机动队前传“ARISE”的第二部。。毛毛和爱画画的丫丫在省城共同经营着一间小店，以此维持生计和支付学费。然而，随着房租骤然上涨，两人开始为资金问题发愁。丫丫注意到一张通缉令上的赏金颇为丰厚。某日，她发现了一个疑似嫌犯的身影，情急之下，抄起附近花店的一个花瓶砸了过去，结果砸错了人。她们不仅要承担被误伤的肖志文的医疗费用，还得赔偿花店的损失，这使得两人的经济状况更是雪上加霜。不久后，丫丫再次发现了那个嫌犯的踪迹。这次为谨慎行事，她们决定请之前被误伤的肖志文帮忙。在肖志文的协助下，通缉犯最终被抓捕归案。。
