18 年前
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里德博士的科学梦想即将实现！他将飞往宇宙风暴的中心，揭开人类基因的密码。同行的还有，项目赞助人维克托、宇航员本、博士的前女友苏以及她弟弟强尼。
不料，飞船接近风暴中心时，由于计算错误，导致飞船被宇宙射线所吞没！大难逃生返回地球后，组员们的基因因宇宙射线的影响，发生了变异，他们具有了各个不同的超能力。
里德、苏、强尼和本组成了“神奇四侠”，利用宇宙射线所赋予的超能力去打击黑暗势力、帮助世界。维克托获得超能力后变身成为了“毁灭博士”，正在实施他的邪恶计划。神奇四侠出击了！。夜深人静，万籁俱寂。一个全身包裹十分严实的神秘身影出现在八一七厂的厂区内，他一步一步走上办公楼，进入图纸室打开保险柜，拿出了海军装备的“猎字99号心脏分机”图纸进行拍照。原来他是受敌对势力指派的一名间谍，其盗取了重要的军事机密将为我国国防事业建设造成巨大的损失。工厂女工无意间瞥见间谍逃脱的身影，侦察科长赵群（陈惠良饰）和年轻的女侦员陈敏（张力维饰）接到报警后以最快的速度赶到八一七厂。经过缜密调查，赵群确定这与八年前曾经意图作乱的间谍AC大有干系，因此必须在AC将图纸送出国之前抓到这条老狐狸。与此同时，特务机构命令小特务（陈佩斯饰）伪装成海外华侨杨其昌与AC接头。 时间在一分一秒地流逝，正邪之间的较量到了最后关头……。