25 年前
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2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。
2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中，NERV于SEELE的矛盾激 化，SEELE派出军队进攻NERV，在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海，只有碇真嗣和明日香留了下来。。自强的艾美丽从小就有着环游世界的梦想，从航空学校毕业后爱美丽如愿成为了一名空姐，工作上艾美丽努力认真，是所有乘客心中的天使，然而在艾美丽内心中这一切并非当初所想——她需要的是更好的生活。在机组艾美丽有两个知心的朋友，拜金女阿媛和乖女孩小曦。在一次工作中艾美丽遇到了富家公子托尼，艾美丽天使般的笑容让托尼无法自拔，托尼决定追求艾美丽，而艾美丽故意试探他的情况，与此同时在阿媛组织的聚会上艾美丽错把落魄的歌手飞翔当做高富帅，并对其产生好感。气质儒雅的飞翔让艾美丽一见倾心，又因为误会飞翔是富二代，所以艾美丽决定放弃托尼和飞翔交往。两人开始甜蜜的约会，飞翔的体贴和不同常人的气质让艾美丽着迷，但艾美丽也开始怀疑飞翔的身份，但是每次总是阴差阳错地错过机会。。
