23 年前
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位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！。在马里兰州一个笃信基督的小镇，人们悠哉游哉，过着自在平静的生活。然而一场意外搅扰了他们的安宁，名叫夏恩（Shiloh Fernandez 饰）的男孩举枪自杀，从此厄运接连降临小镇。夏恩死后不久，他的女友娜塔莉（Rumer Willis 饰）以及她的父亲伯纳德（Jared Harris 饰）相继自杀。目睹娜塔莉自杀的少女林赛（Elizabeth Rice 饰）的男友迪兰（Kelly Blatz 饰）是牧师的儿子，他相信这一连串的自杀事件决非偶然，而是和镇上半年前一宗女巫公案有关，这个女巫正是夏恩的母亲。似乎，组织死亡病毒继续蔓延的办法就是杀掉女巫另一个儿子艾丹（Thomas Dekker 饰）……
本片荣获2010年英国奇幻电影节特别奖；2008年极端电影节最佳男主角（Thomas Dekker）、最佳女主角（Elizabeth Rice）、最佳电影和最佳配乐奖。。从外表上看起来，喜欢斑马和巧克力的楚元和同龄孩子没什么两样，一样的活泼可爱，招人喜欢。但他却被诊断出患有自闭症，妈妈庆淑（金美淑饰）听到消息后绝望地晕了过去。
之后，妈妈为了减少病症对孩子的影响，投入大量心血，请了教练（李基英饰）训练儿子跑步，希望他能在真正的马拉松赛比赛中跑玩全程。
随着时光的推移，楚元（曹承佑饰）长成了20岁的小伙子，但是智力仍停留在5岁孩子的水平上。他会把弟弟当成老师般尊敬，一听见音乐就不分场合、地点的手舞足蹈，但这一切并没有影响他的目标，在良母恩师的支持鼓励下，他朝着马拉松比赛的冠军不断奔跑。。
