4 年前
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游城十代在前往决斗学院实技测验的途中，偶遇了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中获得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时，一个名为七星的神秘团体出现了，它的目的是夺取被封印在决斗学院地底遗迹中拥有毁灭世界力量的三幻魔。
游城十代及大德寺老师等人被选为遗迹的守护者，与七星展开了黑暗决斗。后来众人意外发现大德寺老师也是七星的成员之一，十代打败大德寺老师，彻底挫败了七星的阴谋，并得到贤者之石的卡片。
三幻魔事件结束后，原来的伙伴们相继离开决斗学院，一众新生入学。游城十代受到“光之波动”的影响，无法进行卡牌决斗。之后，游城十代遇到了来自新空间的使者，找回了对决斗的热忱与兴致。
不久后，前往童实野町毕业旅行的十代一行人，被强迫接受斋王美寿知的考验，并得知了“光之波动”的真相。回到决斗学院后，鲛岛校长宣布新世代大赛开幕。这场原本只是让学生和职业决斗者交流，进而提升决斗能力的活动，却意外成了关系到地球存亡的事件。在最后的对决中，十代向斋王挑战，成功打败被“破灭之光”操控的斋王，拯救了世界。。樋口健太郎（泽城美雪 配音）的双亲在幼年时因车祸而去世，性格内向沉默寡言的他在学校里并不活跃，唯一的好友便是外表帅气成绩优秀的绫小路天（斋贺弥月 配音）。某日，一个叫做美纱（田村由里香 配音）的女孩出现并改变了健太郎的生活，她住在健太郎的隔壁，性格活泼又开朗，而她的真实身份，居然是实习天使。
美纱的开朗渐渐的感染了健太郎，而此时，外表可爱的实习恶魔紫亚（野上由加奈 配音）也来到了人间。个性迷糊的她失去了自己的记忆，寻找这段记忆，即是她此行最大的目的。健太郎和他的天使朋友们度过了一段有笑有泪的美好生活，然而，令他想不到的是，转眼间，注定的分别就已经来到了眼前。。
