18 年前
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阳光明媚的一天，东都体育场正进行一场精彩的足球比赛，江户川柯南、灰原哀、阿笠博士以及少年侦探团的伙伴们齐齐到场呐喊助威。城市的另一边，侦探事务所内的名侦探毛利小五郎却接到一通恐怖袭击的电话。这不是游戏或虚张声势，像是在挑衅毛利小五郎一般，路上的汽车在眼前爆炸。阻止犯人犯案的方法只有一个，那就是解读犯人留下的神秘暗号！
经过一番努力，毛利兰终于拜托工藤新一解开了犯人留下的暗语，成功拯救了无数人的生命。在此之后，警方和毛利小五郎一起锁定了数名嫌疑人，嫌疑人是足球选手、俱乐部老板、媒体人，他们都是和足球界有很深关联的人。与此同时，躲在暗处的犯人继续策划新一轮的袭击，前所未有的大挑战、争分夺秒的对决、裹挟着无数怨恨的袭击强势袭来！。司崎全家遭钟鸣迫害，自身因药物试验患心疾，靠夏瑶的同心蛊续命。蛊毒时效将至，他发现解药竟是仇人之女钟情。为求生，司崎故意接近钟情，一场夹杂仇恨与阴谋的情感纠葛就此展开，而钟情的命运也被卷入这致命的漩涡。。史帝芬公司研发出可以利用卫星发射的太空武器，但却被恶徒觊觎，将程式软体窃走，恶徒们并安排坠机事件，想将史帝芬公司的主管们淹死在海中，还好联邦探员麦克急中生智想办法让飞机浮出水面救出了大家，但史帝芬的老板巴伯却无法及时逃出而葬身大海中，麦克根据线索找到了恶徒的下落，一举将他们歼灭，同时也毁掉遥控电脑的软体，让太空武器无法在危害人类。。
