25 年前
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故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。
卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。
面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……。2011年に設立され、13年に劇場公開された短編「陽なたのアオシグレ」やマルコメのカップみそ汁のCMアニメーションなどで注目される新進気鋭の制作会社スタジオコロリドによるオリジナルの劇場アニメーション。とある離島の中学校を舞台に、少年同士の友情を描いた青春劇。文化祭前日、島に観測史上最大の台風が接近するなか、幼い頃から続けていた野球を辞めたことがきっかけで親友の西条とケンカした東は、突然現れた赤い目をした少女ノルダと出会う。監督は、スタジオジブリでアニメーターとして活躍し、「陽なたのアオシグレ」ではキャラクターデザインや作画監督も務めた新井陽次郎。。
