25 年前
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三无男李默然因为一次偶然的机会在校园内邂逅了大学生田佳佳。两人互生情愫，但李默然鉴于失败的感情经历不敢轻易打开心扉。这时李默然的好友陈强知道了他的烦恼，主动化身军师为他出谋划策。而此时的田佳佳也因不愿放弃，求助自己闺蜜韩雪。暗恋李默然的韩雪放下了自己的感情，一心一意帮助田佳佳。但李默然和田佳佳磕磕碰碰的约会之路还是因为前女友吴蕾的介入而终止。心系李默然的田佳佳发现一切都是李默然前女友的安排后，在两位军师的帮助下，在李默然面前揭露了前女友的计划。知道真相的李默然和田佳佳重归于好，而他们的军师们也在这途中收获了爱情。。2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。
2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中，NERV于SEELE的矛盾激 化，SEELE派出军队进攻NERV，在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海，只有碇真嗣和明日香留了下来。。法国导演戈达尔于1986年拍摄的美国导演伍迪艾伦的访谈，片长26分钟。。