22 年前
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一颗具有新的生物武器的美国卫星失去控制，坠毁在美国领土上。一个黏糊糊的怪物出现了，并设法逃跑，杀死了所有阻碍他道路的人。警察麦克默中尉得到了阻止这个杀人机器的工作。。大学的新学期伊始。
心无杂念头脑里只想着如何改良自己做的无人机KAKA的单单，在热闹非凡的各大社团招新人海中略显得有些格格不入。
在单单从校舍后方的广场向延绵海岸扔出飞碟进行无人机KAKA的捕捉测试时，因为海风的影响飞碟不小心飞到了一名女生的身上。
这突如其来的事故，却变为了使原本有些自闭的单单逐渐成长的契机。。繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板埃里克·萨克斯推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，在第二次遭遇非常事件时，她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯，可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……。
