16 年前
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“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。 在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。 另一边，时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际，由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决定。 四年后，经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校时代的伙伴蒂雅娜...。Pottan要去一个骑马营地，但最后到了一个回收中心，在那里她遇到一个奇怪的工作人员。一天，Pottan发现工作人员正在制造一枚太空火箭。。在那个风和日丽的午后，楚家的千金楚妍汐本应享受着与生俱来的荣华富贵，然而命运却与她开了一个巨大的玩笑。被拐卖的楚妍汐被春娘抚养长大，并改名林乐遥。春娘是一位善良而慈爱的妇人，尽管她自己早年失去了唯一的孩子。。
