7 年前
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贾济材（欧阳震华 饰）本是一名商界精英，但受老板所托极不愿意出任由老板出资兴建的一所九流学校的校长。面对欠佳的学校名誉，无心向学的学生与不太配合的教师，济材无奈却想尽办法要帮学校扭转亏款局面。
为了开源节流，济材决定裁员，做事吊儿郎当的曾政良（陶大宇 饰）成为首选对象，就连一向唯一一名积极的老师王若诗（郭可盈 饰）也被锁定。此三个人都有各异的立场，常常发生冲突，但每一次冲突的发生都需要他们齐心协力解决，使他们对彼此也渐渐改观，继而令济材与政良同时爱上了若诗。
他们的努力都激起了同事们的斗志，在管教学生方面也颇有成效，全校上下合作一条心。没想到，学校将要关闭的消息传来了……。江户川柯南和毛利兰、灰原哀一起来到了公共浴池。在男浴池的更衣室柯南目击到2名可疑的男子，随后，在浴场摔倒失去了意识。于是令柯南感到可疑的男子阿辰和近藤借口将柯南送到医院把他用车带走了。柯南注意到他们两人是黑社会中有名的人物，正在浴池执行秘密任务。
听说柯南被送往医院的小兰和小哀在附近的医院拼命寻找，但并没有找到他。这时，小兰的手机收到了“我的伤没有大碍，不用担心。我要和认识的大哥哥去吃饭了”的邮件。这封邮件是用柯南所带的工藤新一的手机发送的。
此时，毛利小五郎的侦探事务所收到了香苗调查丈夫外遇的委托。香苗提供的照片中的丈夫竟然是近藤！香苗对自己的丈夫与黑社会有牵连一事毫不知情。
另一方面，在谁都不知道发号施令的幕后黑手是谁的情况下，近藤依然和同伴们一同执行任务。近藤等人的任务是引发针对某个人物的炸弹袭击。丧失记忆的柯南被近藤等人利用？！
闯空门的专家、天才欺诈师、传说中的杀手，各种各样的犯罪者和操纵他们的神秘黑影……各种各样的人物在案件周围交错，案件背后隐藏的真相是什么？。
