14 年前
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影片根据同名游戏改编，“代号47”是神秘杀手组织的头号杀手，他性格冷静，智慧过人，行动神秘低调，从来没人知道他的底细，只靠颈后位置的一个纹身条码辨认身份。
“代号47”既是罪恶的化身，又是善意的使徒。他从不过问犯罪的真理及意义，直到碰上一名惊为天人神祕女子卡蒂娅，改写了他的命运，更使他遭到杀手组织的追杀，生命危在旦夕……。有一天突然发生系统故障和大停电，全日本都陷入了恐慌... 这个紧急事态的原因到底是什么？科学犯罪对策室成员挑战破案。。2015年12月30日，宇宙探索船Luxion船长，高屋法子的父亲在宇宙中过世。少女高屋法子立志成为像爸爸一样的宇宙驾驶员，并为之奋斗。
6年后，高屋法子成为了中学生。学校开设了机器人驾驶的课程。三年级的天野和美学姐驾驶技术高超、受人爱戴，被低年级学生称为“姐姐”。新来的教练太田先生来到学校，要挑选2名学生成为宇宙驾驶员。“姐姐”毫无悬念的入选，但缺少机器人驾驶经验的高屋法子竟然也入选了宇宙驾驶员！
伴随着兴奋与疑惑，高屋法子开始了宇宙驾驶员的生活，但是令她始料未及的是，她的任务是驾驶机器人，与害死父亲的外星生物战斗。关系人类存亡的战斗责任，突然降临在少女高屋法子的身上，她的未来将如何谱写？。
