16 年前
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陆家三小姐陆菲，身怀武艺与黑客技能，反抗虚伪未婚夫林墨的阴谋及联姻压迫。神秘的京都太子时千羽闯入，二人从对立到联手对抗黑闪，揭露林墨与宿敌李雪的交易。在亲情背叛、权力倾轧中，陆菲坚守正义，与千羽感情升温，最终在京都爆炸阴谋中涅槃‘完成逆袭。。这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托展开调查，并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特（松田健一郎 配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方……
本片根据士郎正宗的原作改编。。老手与菜鸟飞机师驾驶的是中央情报秘密行机，运载东西更是包罗万有，从难民到军阀，从手榴弹到小猪，真是无奇不有。。
