21 年前
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又一个暑假到来，大雄、静香、胖虎和小夫组成一个小组，共同进行海洋研究。在图书馆查资料时，大雄被《金银岛》的精彩故事所吸引，竟突发奇想打算出海寻找宝藏。适值此时，南太平洋海域传来发现宝藏的消息，哆啦A梦经不住大雄的软磨硬泡，同意展开这次寻宝大冒险。小伙伴们相继聚到一起，将目标锁定在加勒比海域一个名叫多摩斯的小岛上。他们的旅程原本充满乐趣，但是意外很快便发生。小伙伴们遭遇时空错乱，阴差阳错来到了17世纪。大雄被浪头冲走，下落不明。哆啦A梦等人被一艘海盗船救下，却弄丢了一次元空间袋。
海盗船船长吉德正准备前往金银岛寻找失踪的哥哥和侄子。哆啦A梦他们随船前往，殊不知更大的冒险即将到来……。古老帝国拉普达是一座漂浮在空中的巨大的机器岛，传说那里已经无人居住，蕴藏着巨大的财富。因此，无论军方还是海盗，都在找寻着这座传说中的飞行岛。矿工巴鲁这天偶遇拉普达继承人希达，两人一见如故。因为希达身上有找寻拉普达帝国的重要物件飞行石，军方和海盗两帮人马都在追杀希达。巴鲁带着希达一起逃亡，最终都没有逃出军方的手中，希达被军队掳走了。为救朋友，只能选择与海盗合作。巴鲁与海盗成功救出了希达，同时，他们也发现了军方的邪恶计划。为了阻止军方邪恶计划的实施，他们和海盗一起踏上了寻找拉普达之旅。。
