24 年前
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应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次，KERORO军曹的面前出现了最新！最恶！最强的敌人！！
故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观，喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴，可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹，后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时，冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷，冬树与KERORO回到了东京。不过这时，最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样，但与KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是？……。一名新闻记者在他即将发表一篇爆炸性新闻前被谋杀了，而这则消息的内容是关于一些科学家证实“带疯牛病毒的牛死后也能将病毒传染给人类”。他的女朋友发誓要找出凶手，并发表这则新闻。然而她的行为却令那些想隐瞒事实的当权者紧张万分，所以为了让她保持沉默，只有让她永远消失。但她不畏恐吓，坚持将调查的真相公诸报端，并巧妙地避过了杀手的追杀，完成了男友未尽的工作。。
