6 年前
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进次郎被噩梦所困扰。他梦到了曾经光之巨人奥特曼与怪兽“芝顿”对峙的梦。
而且，他现在遇到了全新的问题，那就是日渐增强的奥特曼之力已经渐渐难以控制了。
就在这段时间发生了假冒机动奥特曼破坏街道的事件。世界上“奥特曼危机”的舆论愈演愈烈，科特队陷入了口诛笔伐之中。
只不过，这些全都是某个外星人的阴谋罢了。其中的幕后黑手居然是艾德！
艾德目的只有一个，终结地球人对于奥特曼的信仰。为此，艾德引导进次郎走向成为光之巨人的道路，然后再打败进次郎。
巨大化的芝顿被艾德召唤并与科特队展开了激烈的战斗。
奥特六兄弟与玛丽装甲集结，并肩作战。
艾德身穿自己的芝顿装甲登场，最后的危机时刻来临。
进次郎也穿上了全新的装甲去迎战对手。。概要史东那城市到处都有因魔力而动的魔偶，在这里的两位伯爵海建与葛拉尼欧正在争夺城镇的主导权。於是两人达成协议要以魔偶对决来决定一切。生在魔偶工匠家族的不幸少女莱雅，因家中父兄两人的不合而伤透脑筋。其父兄两人也莫名地卷入这场城主之争，并且竟然做出莉娜和娜卡的魔偶！究竟史东那城市真正的未来与和平是否真的会到来呢？。
