8 年前
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半年前的一连串遭遇，彻底改变了三年级小学生高町奈叶（田村由香里 配音）的人生，她以魔法少女的身份邂逅了可爱的小伙伴尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰），并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）成为莫逆好友。新学期开始，菲特以小学生的身份转入奈叶的班级，一切看似进入了平稳期。克就在某个毫无征兆的夜晚，奈叶和菲特遭到手持暗之书的维塔（真田麻美 配音）等三名违法渡行者的袭击，她们的魔导器也被破坏。
新的危机，新的对手，一切朝着不可预知的方向发展……。看似无害的小龙卷风和成风暴终将成为更加致命的危险的前兆。就因为疏于防范，25年前的一场龙卷风摧毁了Liz McAdams（梅乐迪丝·梦露）的家，这段回忆一直让她饱受伤害。如今的Liz成为了一位专业的风暴跟踪专家，然而她发现一个小龙卷风有迅速增长的势头，并渐渐向她们家的方向靠近，这使她和她的家人再次陷入危险。呼啸的龙卷风、被毁灭的道路，Liz和她的丈夫努力拯救他们所爱的人……。