14 年前
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在5000年前的古埃及，俄摩拉城因其城主曼侬手握重兵，并且统治非常残暴，使其称霸一方。为了反抗他的统治，领地里的其他部落组成联盟向其发动了多场战争。但是结果都是大败而归。原来，在曼侬身边有一位精通巫术的神秘人物，她能预知未来，遇见部落联盟的战术安排，由此帮助曼侬百战百胜。在知晓这一情况后，部落联盟决定派出一位刺客先把这个神秘人物除掉。但是当刺客摩挲尤斯深入城内准备暗杀那个神秘人物时，却发现这是一位漂亮的女人，而且是因为受到曼侬的威胁才被逼帮助曼侬。最终，他们的目标从这位神秘人物身上转到了直接刺杀曼侬，一场生死大战就此展开……。1991年6月29日（土）に東宝系にて劇場公開作品。
TV版のラストから3年後のストーリー。テレビ版から続投するのはナディアとジャン、グランディス、サンソン、ハンソンの5人だけであり、マリーやキング、エアトン、エレクトラを始めとするノーチラス号乗組員はナディアの回想シーン以外では登場しない。この回想シーンは映画序盤で断続的に30分ほど続き、作画はテレビ版の流用である。TV版最終回で存在が明らかになった、エレクトラとネモ船長の子供も登場しない。
当初はガイナックスが制作する予定だったが、監督の庵野秀明はテレビ版で燃え尽きたとして担当せず、プロットとキャラクターデザインを作った段階でガイナックスは予算を使い果たしてなお完成させることができず、残りをグループ・タックが制作した。ガイナックスはプロットとデザインの他、劇中のテレビ版のダイジェストの編集のみを担当。そういったドタバタが災いしてか、映画自体は高い評価は得られなかった。武田康廣の回想録によれば、このときグループ・タックに踏み倒した格好の5000万円が返済されるのは『新世紀エヴァンゲリオン』のヒット以降になる。。
