24 年前
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新伦敦市民伯纳德·马克思（哈里·劳埃德 Harry Lloyd 饰）和列宁娜·克朗（杰西卡·布朗·芬德利 Jessica Brown Findlay 饰）只知道严格的社会秩序，和一种叫做唆麻的完美药物，服用这种药物是一种即时满足并无处不在的性文化。然而为了探索超越社会限制的生活，二人开始了他们在野蛮之地的假期，却卷入了一场可怕的暴乱。伯纳德和列宁娜被野蛮人约翰（阿尔登·埃伦瑞奇 Alden Ehrenreich 饰）救了出来，约翰和他们一起逃回了新伦敦。。延续前一集的剧情，狮子亚历克斯、斑马马蒂、长颈鹿迈尔曼、河马格洛里亚以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境，与同类们建立良好的关系，大家都是施展各种招式，笑料百出。。刚刚乘汽轮抵达神户港的小蝶（池玲子 饰），被女扒手好美（愛川まこと 饰）当作毒品运输人带到藏毒窝点，遭到黑社会分子的严刑拷问。千钧一发之际，从监狱出来的混混让二（内田良平 饰）解救了小蝶。小蝶旋即抓住好美，得知自己误被拷问的原因。原来码头黑帮的残党浅吉（安部撤 饰）等众，利用女扒手从横滨偷运毒品，阴差阳错遭遇小蝶。
让二入狱中其老大被人杀害，老大独生女清子（星野みどり）下落不明。他和小蝶联手追查，发现一切都指向了毒品贩运团伙，一场恶战在所难免……。
