24 年前
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优步司机詹姆斯刚把美女乘客送到派对地点，二人相谈甚欢，美女主动问詹姆斯能不能晚点来接她，他欣然答应。在去下一个接单的路上，他不由得暗自窃喜，想入非非；这时上来另一位乘客，陌生男子开始跟他尬聊起来，到了定位地址后仍不下车，并要求詹姆斯开到派对地点载上美女三人一起找夜店继续玩耍。美女上车后，詹姆斯和美女慢慢发现这个陌生男子举止奇怪，但已无法回头，随后二人陷入陌生男子的亡命“猫鼠游戏”中。。掌控日本国家未来的御前会议上，众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLE PLAN”，神秘的法蒂玛第三预言亦被提及。数天后，暗中执行猎杀计划的政府成员突然于游艇上全员木乃伊化死亡。案件交由未详系的当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）负责。调查途中两人接到志村美玲（福田沙纪 饰）的求救电话，赶赴救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子（栗山千明 饰）不期而遇。当麻将美玲带回未详系，原本已经死去的阳太/一十一（神木隆之介 饰）竟从容现身于她们面前。竭力压制着蠢蠢欲动的左手，当麻无力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。
在阳太的恶意煽动下，普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中，当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物们若隐若现，黑暗降临的未来是否终将无法避免？。一场大火后，文物局司机王保银意外发现了失踪多年父亲所留下的遗物：一张龙脉地图和带有特殊号码的徽章。追查中王保银意外获悉了在二十世纪六十年代末，龙迹小组科考队在西北某爆发着瘟疫的小镇外的沙漠深处遇险，唯独一人生还。为了探寻父亲失踪的真相、解开成员失踪之谜，于是和发小胖子强、“搬山道人”郑鑫，三人一同踏上了险象重重的西行路。一望无垠的荒漠中，卷起了吞人噬骨的风暴，雾气弥漫的沼泽处潜藏着蠢蠢欲动的神秘生物。一次又一次的绝地求生后，神秘幻象出现在了王保银的脑海中，一片满是孢子的地下湖里隐约浮现着一个少女的影子；千里黄沙的地下，沉着巨大的三层八幡的古代战舰，而令人毛骨悚然的是八幡船和背后的那个古老传说……。
