21 年前
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在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。 这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。 随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他...。それぞれの夢や悩みを抱えながら、私立巡ヶ丘学院高校に通う生徒たち。3年生の窪田梢（武田玲奈）と篠原実咲（上原実矩）はコンクールに応募しようとドキュメンタリー作品の制作に忙しく、2年生の原田璃子（森迫永依）は、幼なじみの高城真帆（優希美青）に冷たくされながらも彼女を慕っていた。また演劇部では、仲間との意見の食い違いに悩む3年生の沢渡ゆかり（桜井日奈子）の姿があった。みんな学校生活を頑張りながら、やさしい保健の先生・佐倉慈（おのののか）にそれぞれの悩みを打ち明け、不安な気持ちを紛らわす……そんないつもの日常のなか、突然生徒の悲鳴が放課後の校内に響きわたる。。