13 年前
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故事以15年前的北大西洋上一件海难作序幕，这宗海难是由一艘在深夜浓雾中航行的货轮引起的。由于未能及时发现航道上有巨大冰山，货轮猛烈撞上冰山后导致引擎室受到重创，整艘船也在不久后彻底沉没。虽然大多数船员顺利获救，但船长与一名船员还是不幸罹难。
而在15年后的东京大都会，大财团的著名设计师在驾车时，突然心脏病发作。连人带车冲向山谷，车子在坠落山谷后起火燃烧，设计师当场气绝身亡。这两宗分别发生于两个不同年代的意外居然是一场惊天大阴谋的序幕。
幕后黑手选择了豪华邮轮“爱芙罗黛蒂号”作为展开阴谋的地点。恰巧江户川柯南、毛利兰、毛利小五郎等人参加了这艘邮轮的首次航行仪式，他们将一步步揭开幕后黑手的阴谋，让真相水落石出。。将历史事件改写成趣味十足的故事，用动画的形式演绎出来，在遵循历史原貌的基础上加入了很多轻松、有趣的元素，将枯燥的历史变得生动立体，简单易懂好接受，让孩子们在轻松愉悦中熟悉中华历史。。瑞克曼博士前往亞馬遜河探險時，意外發現一具不尋常木乃伊，經科學驗證發現這具木乃伊是以高達三百歲的年紀過世的！ 為了尋找木乃伊長壽秘密，基科藥廠決定贊助瑞克與蘇珊兩名博士帶領一支探險隊重回發現地。途中，直昇機被閃電擊中，緊急迫降傑瓜部落屬地，幸好直昇機駕駛馬克臨時解圍，使得探險隊可以在傑瓜族酋長提卡帶領下，前往神秘的蛇神納加屬地。 就在此時，探險人員接二連三慘遭巨蟒攻擊，正當他們以為抵達先前探險隊駐紮營地可以安然無事時，卻赫然發現當地已無人員生還…。面對巨蟒無情吞噬，他們是否該繼續原本的計畫呢？！。
