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昭和38年，西日本仓岛市两支暴力组织——大原组和川手组斗争不断，当地警方和政界与黑道多有瓜葛，故抗争形势复杂多变。
仓岛警署警官久能德松（菅原文太 饰）与大原组干部广谷贤次（松方弘树 饰）私交甚厚，两人借突击搜查之名摧毁川手组土地收购计划，此举更是激化两派矛盾。与川手组暗通款曲的县高层调来公正严明的警官海田（梅宫辰夫 饰）镇压大原组，并调查久能与黑道的关系。出狱的大原组组长（远藤太津朗 饰）迫于压力宣布解散组织，广谷无处藏身，困兽犹斗。经劝说后的久能屈服于海田，最终射杀了意图攻击海田的广谷。
多年后的事实证明，所谓的正义，不过也是丑恶阴谋的一部分……。2003 年《PTU》反转尖东为找肥沙的失枪，杜琪峰冷峻的风格一夜间拓宽了港产警匪片的定义。08年召齐原班人马，任达华、邵美琪、林雪再次出动。闭路电视揭发蓝帽子涉嫌虐待三合会成员案件，令部队上下人心惶惶，黑白对错顿时模糊，警员负债陀枪问题再备被质疑。今次杜琪峰退居监制，由徒弟罗永昌领军调查案件，为《PTU》续集的《机动部队》打响头炮，还有刘国昌和吴耀权的单元陆续登场。
警队中，存在着无形的竞争；同袍间，究竟是敌还是友？
华（任达华 饰）与Maggie（邵美琪 饰）分别率领下属迎接队伍解散前最后一天突发任务：搜索潜入深山里的劫押款车案悍匪。二人合作带队一年半以来，争功斗气，团队关系早已分裂僵化。Maggie一队获上司赞赏，并得到晋升，相**等升职无望。
就在深山内找寻悍匪之时，两组人员分头搜索并引来匪徒袭击，华与Maggie为救同僚之事面临严峻考验，他们最后如何抛开成见，同心协力完成工作呢？
幕后花絮：
邵美琪（Maggie）、任达华及林雪等合拍新片《机动部队——同袍》。为营造真实感，台前幕后“被困”于树林内取景达三十多天之久，工作人员更不停使用烟效，弄得一众演员经常流泪水。任达华不讳言频频与邵美琪互相“拭泪”，有时承受不了浓烟，惟有叫停休息一会再来过。
虽然拍得辛苦，但任达华很高兴能与剧组熟络得像一家人，警察世家出身的他，拍戏时不禁回忆起往事：“会想起爸爸做警察时每天都要擦鞋才出门，他一边涂鞋油，一边用打火机烘鞋油，这个情景印象好深刻，因为看得出他对工作热诚。”。
