25 年前
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经过长时间的飞行，蕾普莉搭乘的飞船并没有飞回地球！飞船返航途中发生意外，低温休眠舱在母船爆炸前脱离主船，掉进了一个黑暗、寒冷的星球。除了残存的主教外，只有蕾普莉一人生还。
这里是地球的一个外星废弃矿井，现在成了一个管制危险犯人的监狱。蕾普莉在医生的救助下恢复了健康。随着蕾普莉的到来，这里的犯人开始一个一个被神秘杀害。当局以为是犯人内部的犯罪，然而蕾普莉隐隐知道没这么简单。
当她找出主教的残体连接上电脑查看飞行记录后，证实了她的想法：异形来了。。魔法。それが現実の技術として確立されてから約一世紀が過ぎていた。 国立魔法大学附属第一高校、通称“第一高校”にとある兄妹が入学する。 魔法師として致命的な欠陥を抱える劣等生の兄・達也。 すべてが完全無欠な優等生の妹・深雪。 二人の学生生活は激動に次ぐ激動の日々だった。 政治結社《ブランシュ》の襲撃。 九校戦への香港系国際犯罪シンジケート《無頭( ノー・ヘッド・)竜(ドラゴン)》の介入。 大亜連合軍の横浜への侵攻。 人の精神に取り憑いて変質させる魔物パラサイトの出現。 そしてUSNA軍魔法師部隊スターズ総隊長アンジー・シリウスことアンジェリーナ＝クドウ＝シールズの来訪。 波乱に満ちた一年が終わり、二年生になった二人の生活も少しずつ変化する。 四葉家から使わされた桜井水波が達也たちと同居することになり、 達也は新設された魔法工学科、通称《魔工科》に転科す...。
