7 年前
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宁静的日子日复一日...平良一成(萩原利久)进入大四，清居奏(八木勇征)作为新人演员每天都在奋斗着。 不再顾虑周围成为恋人的两人，在平良的家里进入了同居生活。 然而，平良那如同信仰的"偏爱"并未改变，希望他靠近时他却退缩，希望他后退时对方却又猛地强势告白，让美丽而骄傲的清居国王烦恼不已。 另一方面，平良有了一个新的爱好，那就是为了不被清居发现而乔装起来，狂热地追随在清居的身后。 为了不给清居添麻烦，孤独地、悄悄地注视着他，而在此时，因为某个契机，有了一起追星的同伴...？ 大学毕业逐渐临近，同学们的生活开始以找工作为中心，此时没有打工经验的平良有了一个烦恼... 随着学生生活的结束，在将要步入社会的关口，平良和清居选择的道路会是——。游城十代在前往决斗学院实技测验的途中，偶遇了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中获得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时，一个名为七星的神秘团体出现了，它的目的是夺取被封印在决斗学院地底遗迹中拥有毁灭世界力量的三幻魔。
游城十代及大德寺老师等人被选为遗迹的守护者，与七星展开了黑暗决斗。后来众人意外发现大德寺老师也是七星的成员之一，十代打败大德寺老师，彻底挫败了七星的阴谋，并得到贤者之石的卡片。
三幻魔事件结束后，原来的伙伴们相继离开决斗学院，一众新生入学。游城十代受到“光之波动”的影响，无法进行卡牌决斗。之后，游城十代遇到了来自新空间的使者，找回了对决斗的热忱与兴致。
不久后，前往童实野町毕业旅行的十代一行人，被强迫接受斋王美寿知的考验，并得知了“光之波动”的真相。回到决斗学院后，鲛岛校长宣布新世代大赛开幕。这场原本只是让学生和职业决斗者交流，进而提升决斗能力的活动，却意外成了关系到地球存亡的事件。在最后的对决中，十代向斋王挑战，成功打败被“破灭之光”操控的斋王，拯救了世界。。
