16 年前
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古畑任三郎如今早已是人们耳熟能详的名侦探，他独特的中山装，永远骑着自行车的个人风格为人所津津乐道。这次SP就带我们回到他的青少年时光，看看他与一生中最重要的人相遇的故事，那是他侦探人生的起点。
15岁的任三郎（山田凉介 饰）因为父母关系转学到小山区，喜爱读推理小说的他并未太主动与同学接触。一日学校的小花圃的花被人恶意践踏，任三郎找出了“元凶”，从此他小侦探的声名不胫而走。任三郎索性在后山一间空置的房屋内办起了侦探事务所。可惜前来上门的客人拜托的都是鸡毛蒜皮的小事。直到一日，有人上门拜托寻找失落的宝藏，事情才有了变化。
但是随着侦查的过程，任三郎意识到自己身边开始有危险，而一切似乎都是一个局。自己平日最不信任的人在关键时刻却救了自己。。风平浪静的一天，日本海上自卫队的舰队照例举行联合演习，谁知装备了最新防御系统矶风号出现异常。先是普通舰员和舰长遇害，继而得知某国的队日特工教官龙华，携带威力强大的炸弹GUSOH秘密登舰，追被劫持矶风号袭击东京。在副舰长宫津弘隆二（寺尾聪 饰）和沟口（中井贵一 饰）等人的命令下，船员们纷纷乘救生艇逃生，殊不知沟口的真正身份正是龙华，宫津则是他的亲密战友。他们全速向首都圈前进，并向日本政府提出了3点要求。与此同时，服役于矶风号的前伍长仙石恒史（真田广之 饰）偷偷潜回本舰，以一己之力和这群恐怖分子展开周旋……
本片根据福井晴敏的同名原著改编。。
