16 年前
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耀辉失踪后，小敏与恩恩和文静一起来到了澎湖散心，在这里，小敏意外地邂逅了名为小武的陌生男子。之后，小敏返回台北，得知妈妈要搬过来和她同住，还要在这里开一个咖啡馆，虽然百般的不情愿，但小敏只能无奈成为了妈妈的帮手。
一次偶然之中，小敏救下了一位溺水的女孩小雯，哪知道小雯非但不感谢小敏的救命之恩，两人之间还产生了许多矛盾。然而，当小敏了解到小雯的悲惨过去之后对她心生同情，两人不仅化解了误会，还成为了朋友。某日，小敏竟然意外地和小武重逢，得知他和自己有着相似的经历，两颗孤独的心渐渐靠近，就在此时，耀辉忽然回到了小敏的身边。。半年前的一连串遭遇，彻底改变了三年级小学生高町奈叶（田村由香里 配音）的人生，她以魔法少女的身份邂逅了可爱的小伙伴尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰），并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）成为莫逆好友。新学期开始，菲特以小学生的身份转入奈叶的班级，一切看似进入了平稳期。克就在某个毫无征兆的夜晚，奈叶和菲特遭到手持暗之书的维塔（真田麻美 配音）等三名违法渡行者的袭击，她们的魔导器也被破坏。
新的危机，新的对手，一切朝着不可预知的方向发展……。
