11 年前
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一个全身闪红光的哥斯拉在香港登陆，并把港岛和九龙的繁荣商业区破坏後离去。及後东京海底队道亦因为隧道机械主轴溶化不停发生事故，原来哥斯拉身上的冷却系统已破坏，令牠体内核子分裂快速活性化，并变成一座懂得步行的核子厂。同时东京水族馆发生谜一样的事件—水族馆内的鱼被离奇杀害，经研究後发现是一些生活在二亿多年前的地层生物—狄斯亚所造成。在临海副都心，自卫队派出冷冻战车迎战不明生物—狄斯亚及哥斯拉。此时哥斯拉的体温最终到达一千二百度，并可能引发全人类灭亡的核爆……。宗天保任职护卫员的科学园大火，他舍身救了女研究员高玉。但研究所潘教授在大火中不幸辞世，潘教授的手写笔记在大火中消失。大火引发了灰尘风暴，令整个香港被雾霾卷盖。
财阀王耀才投资的“天空一号”，让富人得以远离污染，而已故潘教授的助理唐永章变成他的合作伙伴，唐的发妻高玉继续在天空一号上钻研“超能干细胞”的“再生学”工作，完成潘教授的遗愿。从台湾来的家家带着癌症末期的妹妹小珍来香港求医，怎料两兄妹因此卷入一场“超能力干细胞”的劫案中，而偷走这新科研血清的主脑，竟是已故潘教授的独生子子文，在争夺血清的过程中，子文逐渐发现了令父亲潘教授死亡的真正凶手……。
