5 年前
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林河市公安局局长秘书苏岩未经领导许可参加了一个竞赛类电视节目，并与搭档张秋燕赢得冠军。然而张秋燕却于当晚被人谋杀在家中，现场留下神秘的“黑蚂蚁”。苏岩因而成为嫌疑人，他主动请缨加入刑警队。苏岩结识了死者张秋燕的表姐孙红。孙红和报社编辑薛成正在谈恋爱，而薛成是苏岩在文学方面的笔友兼老师。薛成的姨夫又是孙红的上司。当警方寻找罪犯的时候，新的命案又接连发生，死者都跟孙红有关。而且凶手每次作案后都要拿走一张小额存折并在现场留下黑蚂蚁。
其实耿长春早就利用职权霸占了孙红，孙红不想伤害薛成努力回避他，然而薛成却变本加厉地纠缠着她。命案再一次不期而至，现场没有留下蚂蚁而改用蚂蚁图案的印章。
苏岩无意间见到了已经罹患精神疾病的陈眉。原来张秋燕是因为巧合而代替陈眉死去的。陈眉却说出了惊人的话：要杀我的人是耿长春！警方排除了耿长春的嫌疑，凶手也许是一个跟他有仇的人。可怜的陈眉被残忍的杀死了，手法一如往常。
警方在海边给孙红安排了一个小别墅，苏岩住在阁楼上随时保护孙红。耿长春被人告发。薛成通过孙红给耿家打过的一个电话查到了海边别墅的地址，他进入别墅，制服了苏岩和孙红，大批警力抓住了薛成……。英雄警察陈家驹又回来了。不过，性格火爆、直言不讳的他因为不满意上司放走了一个重犯与之吵翻，愤然辞职。家驹和女友旅行期间，一间电话公司遭到了炸弹恐吓，家驹马上赶到现场，着手调查案件。岂料一波未平，一波又起。这个炸弹狂徒竟然炸毁了警局的大门，还绑架了家驹的女友，要求家驹携带大量赎款前往货仓交换人质。当家驹身带巨款抵达货仓时，发现这里已经布满了炸弹。。午夜12点，在繁华都市的一个小角落，一家食堂才刚刚开始营业。这家深夜食堂的老板(小林薰 饰)虽然脸上带着伤疤，却是一个温情且厨艺精湛的男人。虽然小店里的菜谱很简单，但是只要是客人想吃的都可以点，所以小店备受底层小市民的喜爱。延续第一季的风格，深夜食堂里每晚都上演一个耐人寻味的故事，每个故事的主角都有自己钟爱的一款美食。特别值得一提，第一季曾出现的红色香肠再度登场，其中埋藏多年的往事随之揭晓，曾经的故人再度聚首，又展开了一个崭新的温情故事……
《深夜食堂》在2006年开始连载，由于作品气氛浓郁、风格特殊，二度改编日剧播映，由小林薰担任男主角。隔年获得“第55回小学馆漫画赏”及“第39回漫画家协会大赏”。。
