14 年前
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在阻止了1963年的世界末日之后，伞学院回到了现在，确信他们阻止了最初的世界末日，并彻底修复了这条遗忘的时间线。然而在短暂的庆祝之后，他们意识到自己（彻底）失算了。聪明、时尚而冰冷的麻雀学院和伞学院在一场激烈的对峙中发生冲突，然而这远非伞学院最大的麻烦。伞学院将直面挑战、损失和惊喜，并着手处理一个在宇宙中大搞破坏的不明实体（而这可能是他们自己一手造成的）。现在他们需要做的就是说服爸爸的新（也可能更优秀的）家庭，来帮助纠正因他们的到来所导致的错误。他们能否找到回到世界末日前的方法？或者这个新世界不只是时间线上的一个小错误，大难即将临头？。1991年6月29日（土）に東宝系にて劇場公開作品。
TV版のラストから3年後のストーリー。テレビ版から続投するのはナディアとジャン、グランディス、サンソン、ハンソンの5人だけであり、マリーやキング、エアトン、エレクトラを始めとするノーチラス号乗組員はナディアの回想シーン以外では登場しない。この回想シーンは映画序盤で断続的に30分ほど続き、作画はテレビ版の流用である。TV版最終回で存在が明らかになった、エレクトラとネモ船長の子供も登場しない。
当初はガイナックスが制作する予定だったが、監督の庵野秀明はテレビ版で燃え尽きたとして担当せず、プロットとキャラクターデザインを作った段階でガイナックスは予算を使い果たしてなお完成させることができず、残りをグループ・タックが制作した。ガイナックスはプロットとデザインの他、劇中のテレビ版のダイジェストの編集のみを担当。そういったドタバタが災いしてか、映画自体は高い評価は得られなかった。武田康廣の回想録によれば、このときグループ・タックに踏み倒した格好の5000万円が返済されるのは『新世紀エヴァンゲリオン』のヒット以降になる。。