18 年前
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持续在世界各地进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小霞（豊口めぐみ 配音），历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾丽丝（加藤ローサ 配音）。紧张的战斗与快乐的游玩，却未察觉危险正悄悄逼进。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库莱伊被当地所有人讨厌，但是它似乎想将某种危险、恐怖的信息及时传给小智一行，关于时空之塔的秘密即将揭开……
本片为神奇宝贝系列第十部电影剧场版。。落后封闭的海岛上，一个淳朴的母亲因为常年多病，丈夫和儿子先后出海务工挣钱买药，儿子在出海后遭遇海盗，得知噩耗的母亲被村里人视为丧门星，各种欺辱打压。就在中秋大祭这天，母亲即将被村民祭海时，儿子率领庞大舰队强势归来，奇幻之旅徐徐展开。
