18 年前
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夏晓黎在外地读书，突然收到家里让她速回的电报。晓黎回到海城才发现家里的客栈一片破败，只剩下老伙计老刘一个人，老刘告诉她姐姐已经死亡。
深夜，空荡荡的客栈里，突然从后院里传来了若有若无的歌声，晓黎跑出去，却找不到人。
次日，一个名叫小七的小伙子来店里应聘伙计，晓黎觉得他有点不对劲，但还是把他留下了。半夜，晓黎被一声响动惊醒，跑到姑姑房间一看，老刘躺在地上，胸口插着一把刀，慌乱中晓黎抽出了他胸口上的刀，老刘倒地身亡。晓黎怀疑是小七所为，要去报警，却被小七拦住，他说刀上有晓黎的指纹，而且她满身血迹，到了警察局肯定说不清。晓黎不知所措，只好听任小七安排。
第二天一早，小七若无其事地开门营业，一个风度翩翩的男人来住店，他是穆枫。穆枫和小七好象认识，两人趁晓黎不在的时候还发生过争执。两人争相对晓黎表白自己是好人，更奇怪的是，两人还先后潜到姐姐房间寻找什么东西。晓黎感到身边的这两个男人都不可靠，而且姐姐姑的房间里一定藏着什么秘密，她决心留下来查出姐姐的真正死因。
经过仔细查找，小黎在姐姐的日记上发现了有一个男人和姐姐有情感纠葛。晓黎认定穆枫和小七一定和姐姐的死有关，可苦无证据，只好继续不动声色地暗中观察。然而，更离奇的事情发生了：一天深夜，姐姐竟然回来了，可她已经人事不知。
姐姐到底是生还是死？那个与姐姐有关的神秘男人究竟是谁？老刘又是被谁所害？苍凉空旷的客栈里到底隐藏着什么惊天秘密？。谁也不曾想过，七十年前那期神秘的罗斯威尔事件，时至今日仍对全体人类产生着如此巨大的影响。并且鲜少有人窥见真相的全貌，即使它就在那里。某天，过着颓废生活的前联邦探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）以及他最为信赖的搭档——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）重新聚在一起。原来一档旨在揭露政治黑幕节目的主持人找到他们，希望二人披露政客利用外星人来控制人类的真相。以此为契机，关闭已久的X档案重新开启。一度对各种离奇事件失去信心的穆德，在斯科莉的陪伴下重新踏上征程。
而这一路上，层层隐藏起来的真相以及人类可怕的未来，将相继呈现在他们的眼前……。威廉姆（凯文·克莱恩 Kevin Kline 饰）是一位恪尽职守的教师，他不仅十分热爱自己所教授的课业，同时将教书育人当做是人生的终极目标。一位名叫贝尔（埃米尔·赫斯基 Emile Hirsch 饰）的男生出现在了威廉姆的课堂上，他是参议员的儿子。尽管贝尔桀骜不驯又喜欢带头捣乱，但威廉姆依旧从他的身上看到了闪光点，他决定绝不放弃贝尔。 在威廉姆的努力下，贝尔的成绩提升的很快，两人之间的敌对关系也有稍稍缓解。威廉姆十分重视的凯撒知识问答大赛即将开始，贝尔在预选赛中获得了第四名的好成绩，可是，只有前三名能够进入决赛，看着手上的成绩单，威廉姆陷入了深深的沉思，此时的威廉姆并不知道，他接下来的举动将彻底改变贝尔的一生。。
