16 年前
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瑞贝卡（伊娃·格林 Eva Green 饰）回到了童年生活过的临海小镇，在那里，住着一个她无论如何也要见到的人——儿时玩伴托马斯（马特·史密斯 Matt Smith 饰）。曾经的懵懂少年如今已经成长为男人，两人之间迅速的产生了奇妙的化学反应。没过多久，一场车祸夺走了托马斯的生命，悲痛欲绝的瑞贝卡做出了一个危险的决定——利用当代先进的基因克隆技术，复制托马斯的基因。十个月之后，一个名叫托马斯的婴儿呱呱坠地，作为生下他的母亲，瑞贝卡的心情十分复杂。
在托马斯的眼中，母亲是一个即神秘又极具魅力的女人，在她惊人的美貌里，隐藏着的是深深的哀愁和绝望，而她望向自己的眼神，也似乎包含了千言万语。纸终究包不住火，随着托马斯的渐渐长大，那个不能说的秘密也在逐渐的显影，待到真相被揭露的那一天，这两个痛苦的人该何去何从？。在上一季的信号塔大战之后，特靠谱重伤，他的远房表弟拜拜乔登场，继承了特靠谱的全部身家，发誓要比他更强大。
拜拜乔让手下在不夜城内散布关于他的可怕传闻：抬一抬手指便将其他昆虫瞬间击倒，手一挥更是能隔空控制物品攻击……不夜城再度陷入混乱。熊二一人敌不过，只能出城去找熊大和光头强。
此时熊大和光头强还在信号塔周围寻找缩小器的踪迹，久寻未果，光头强和熊大熊二还因意见不合而争论起来，不欢而散。冷静下来后，熊大熊二返回找寻光头强，不料被拜拜乔的手下们截住，双方实力悬殊，危机四起……
另一边，陷入绝望的光头强想起年迈的父母，他决定放下一切回家，遂去往狗熊岭高铁站，在高铁站好巧不巧看见了混在零件堆中的缩小器。正当光头强满心欢喜时，迎面撞上了大马猴和二狗，大马猴和二狗仿佛又看到了一夜暴富的机会。
光头强被大马猴和二狗追捕，熊大熊二又被拜拜乔手下追赶，双方均来到了高铁站候车室，大战一触即发！熊强三人利用地形和人群优势，成功将矛盾转移，让大马猴和二狗与拜拜乔手下们纠缠，自己得以金蝉脱壳，可惜的是缩小器在这场混乱的局面中再度遗失……
面对新对手拜拜乔和作恶多端的手下们，熊强能否机智对抗，保护昆虫？他们能否顺利找回缩小器，回到狗熊岭呢？。
